台北南懷仁研究中心致力於關心中國教會，陪伴中國教會發展並提供牧靈、培育與社會發展等各方面的協助。執行與中國教會相關的計畫案固然是台北南懷仁研究中心的主要業務，不過在台灣牧靈方面我們也同樣關懷，本中心在早年便持續贊助台灣牧靈中心的活動，而目前台灣牧靈中心已與台北南懷仁研究中心合併，並接受指導委員會的督導。