地方教會與教區發展計畫

儘管仍有問題存在，中國天主教會在過去二十五年已有明顯的進步，在這些歲月中南懷仁基金會都隨著這些正面的演變，並透過與中國教會逐漸發展的合作與交流計畫來做回應。從海外教會與中國教會被允許的有限合作當中，南懷仁基金會都儘可能地促進許多合作來答覆中國境內的邀請。依其性質，可分為「蓋堂」、「修女院維修」、「培訓中心」與「其他」共四大類。

蓋堂
教堂是信仰生活不可或缺的一環，除了定期舉辦彌撒，各項共融活動更能增加彼此互動，促進教友之間的凝聚力，讓教友們能接受神父的引導，將堂區往更好的方向發展。而在中國，由於其政治、歷史背景之故，教堂的存在對當地教友更別具意義。本基金會的蓋堂案件除了新建教堂外，尚包含舊堂重建、水電與裝潢維修、牆壁龜裂修整、教堂附建屋等，舉凡與教堂相關的實體工程皆概括在內。

修女院維修
對於偏遠地區的修女院，常有房舍老舊與水電管線的問題，雖能透過適度改建或維修來解決，經費來源卻是一大問題。我們有部份針對修女院的房屋修繕案件，希望能提供修女們一個更為舒適安全的家，既能改善修女們的生活，也有助於增進當地教會的福傳。

培訓中心
培訓中心也稱為「牧靈中心」、「教友活動中心」，雖然不是教堂，但在福傳工作、介紹教會信仰的進程裡同時扮演一個重要的角色。定期或不定期舉辦神職人員進修、傳道員培育、慕道者講習、教理講授、青年共融等活動，對象從神父、修女、國高中生、大專青年、社會人士都有，期望能藉此讓神職人員與教友增進信仰與靈修方面的深度。
培訓中心的整修，包括：一般的維修、建造工程，內部整修、硬體設施贊助、部分格局改建，甚至暖氣費用等，一切與培訓中心實體工程相關的合理需求，皆為本中心協助範圍。

其他
不同於「蓋堂」、「修女院維修」、「培訓中心」三者集中於硬件建設，本項目較為偏重軟件，例如給予有特殊狀況的神父、修女急難救助，年長神職人員養老金，或例如:2012年慶祝聖母聖心會（CICM）成立150週年的記錄片拍攝，介紹聖母聖心會在中國北方的傳教足跡等等。凡與牧靈工作相關但無法歸類於以上三者的案子，都屬此類。